Introdução

A pandemia do novo coronavirus tomou o mundo de assalto. Notícias em todo o lugar dão conta do rápido alastramento do vírus em todo o mundo, e os seus números são alarmantes.

Para permitir que mais e mais pessoas possam ajudar no combate ao vírus, das mais diversas formas, organizações ao redor do mundo tem disponibilizado dados sobre a evolução da COVID-19 em todo o globo.

Dentre as organizações que disponibilizam dados estão a European Union Open Data Portal, a John Hopkins University através de um repositório no GitHub.

Com abundância de dados, me propus a realizar algumas explorações e tabulações destes dados visando entender melhor o cenário mundial.

Disclaimer

Este é um trabalho em andamento; não tem cunho científico e nem pretende que sirva de embasamento para qualquer tomada de decisão. É uma abordagem estritamente pessoal.

Base de dados do EU Open Data Portal

Os dados desta seção vieram do Europe Open Data Portal – https://data.europa.eu/euodp/en/

2020-03-26: Houve uma mudança na nomenclatura dos arquivos; a partir da atualização de 25 de Março de 2020 o arquivo não mais tem o sufixo no formato da data, por exemplo, “…2020-03-24.xlsx”. Assim, algumas partes do código estão sendo mudadas para refletir esta mudança. Não sei se é uma mudança permanente ou alguém esqueceu de colocar o nome correto do arquivo.

A estrutura dos dados é:

## Classes 'tbl_df', 'tbl' and 'data.frame':    6738 obs. of  9 variables:
##  $ DateRep                  : POSIXct, format: "2020-03-25" "2020-03-24" ...
##  $ Day                      : num  25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 ...
##  $ Month                    : num  3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
##  $ Year                     : num  2020 2020 2020 2020 2020 2020 2020 2020 2020 2020 ...
##  $ Cases                    : num  2 6 10 0 2 0 0 1 5 6 ...
##  $ Deaths                   : num  0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Countries and territories: chr  "Afghanistan" "Afghanistan" "Afghanistan" "Afghanistan" ...
##  $ GeoId                    : chr  "AF" "AF" "AF" "AF" ...
##  $ Pop_Data.2018            : num  37172386 37172386 37172386 37172386 37172386 ...

Total de Casos pelos dados da EU Open Data Portal

Casos no Mundo (EU Open Data Portal)
416916

Brasil vs Itália

Uma mostra dos últimos 20 dias da Itália.

DateRep Day Month Year Cases Deaths Country GeoId Pop_Data.2018 CumCases
2020-03-06 6 3 2020 769 41 Italy IT 60431283 3858
2020-03-07 7 3 2020 778 49 Italy IT 60431283 4636
2020-03-08 8 3 2020 1247 36 Italy IT 60431283 5883
2020-03-09 9 3 2020 1492 133 Italy IT 60431283 7375
2020-03-10 10 3 2020 1797 98 Italy IT 60431283 9172
2020-03-11 11 3 2020 977 167 Italy IT 60431283 10149
2020-03-12 12 3 2020 2313 196 Italy IT 60431283 12462
2020-03-13 13 3 2020 2651 189 Italy IT 60431283 15113
2020-03-14 14 3 2020 2547 252 Italy IT 60431283 17660
2020-03-15 15 3 2020 90 173 Italy IT 60431283 17750
2020-03-16 16 3 2020 6230 370 Italy IT 60431283 23980
2020-03-17 17 3 2020 4000 347 Italy IT 60431283 27980
2020-03-18 18 3 2020 3526 347 Italy IT 60431283 31506
2020-03-19 19 3 2020 4207 473 Italy IT 60431283 35713
2020-03-20 20 3 2020 5322 429 Italy IT 60431283 41035
2020-03-21 21 3 2020 5986 625 Italy IT 60431283 47021
2020-03-22 22 3 2020 6557 795 Italy IT 60431283 53578
2020-03-23 23 3 2020 5560 649 Italy IT 60431283 59138
2020-03-24 24 3 2020 4789 601 Italy IT 60431283 63927
2020-03-25 25 3 2020 5249 743 Italy IT 60431283 69176

O mesmo para o Brasil, últimos 20 dias.

DateRep Day Month Year Cases Deaths Country GeoId Pop_Data.2018 CumCases
2020-03-05 5 3 2020 1 0 Brazil BR 209469333 3
2020-03-06 6 3 2020 5 0 Brazil BR 209469333 8
2020-03-07 7 3 2020 5 0 Brazil BR 209469333 13
2020-03-08 8 3 2020 0 0 Brazil BR 209469333 13
2020-03-09 9 3 2020 12 0 Brazil BR 209469333 25
2020-03-11 11 3 2020 9 0 Brazil BR 209469333 34
2020-03-12 12 3 2020 18 0 Brazil BR 209469333 52
2020-03-13 13 3 2020 25 0 Brazil BR 209469333 77
2020-03-14 14 3 2020 21 0 Brazil BR 209469333 98
2020-03-15 15 3 2020 23 0 Brazil BR 209469333 121
2020-03-16 16 3 2020 79 0 Brazil BR 209469333 200
2020-03-17 17 3 2020 34 0 Brazil BR 209469333 234
2020-03-18 18 3 2020 57 1 Brazil BR 209469333 291
2020-03-19 19 3 2020 137 3 Brazil BR 209469333 428
2020-03-20 20 3 2020 193 2 Brazil BR 209469333 621
2020-03-21 21 3 2020 283 5 Brazil BR 209469333 904
2020-03-22 22 3 2020 224 7 Brazil BR 209469333 1128
2020-03-23 23 3 2020 418 7 Brazil BR 209469333 1546
2020-03-24 24 3 2020 345 9 Brazil BR 209469333 1891
2020-03-25 25 3 2020 310 12 Brazil BR 209469333 2201

As bases de dados não contém informação do Continente, ou seja, a qual continente pertence cada país. Assim, foi feito um merge com uma base que contém os nomes dos países, continente e a capital de cada país.

Os nomes dos países foram normalizados entre as bases, acertando grafia e outras inconsistências nos nomes. Países cujo continente não pode ser identificado foi marcado.

Alguns gráficos exploratórios com a base EU Open Data Portal

Países com mais de 500 casos confirmados

Países (com mais de 500 casos) ordenados por número de casos confirmados
País Casos Mortes
China 81847 3287
Italy 69176 6820
USA 55248 801
Spain 39673 2696
Germany 31554 149
Iran 24811 1934
France 22302 1100
South Korea 9137 126
Switzerland 8789 86
United Kingdom 8077 422
Netherlands 5560 276
Austria 5282 30
Belgium 4269 122
Norway 2566 10
Australia 2423 8
Portugal 2362 33
Sweden 2272 36
Brazil 2201 46
Canada 1959 27
Israel 1930 3
Turkey 1872 44
Malaysia 1624 15
Denmark 1591 32
Czech Republic 1394 3
Ireland 1329 7
Japan 1193 43
Luxembourg 1099 8
Ecuador 1082 27
Pakistan 991 7
Thailand 934 4
Chile 922 2
Poland 901 10
Finland 792 1
Saudi Arabia 767 1
Romania 762 11
Greece 743 20
Indonesia 686 55
Iceland 648 2
India 562 9
Singapore 558 2
South Africa 557 0
Philippines 552 35
Qatar 526 0

Base de dados da John Hopkins University

O JHU tem um site de monitoramento em tempo real (talvez o mais atualizado) no endereço https://coronavirus.jhu.edu/map.html. Os dados utilizados para o mapa estão em um GitHub https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19. Tem dados com atualização diária (parece que no mapa as atualizações são mais constantes; no final do dia são atualizados no GitHub).

Este é o link onde aparece o mapa também: https://data.humdata.org/dataset/novel-coronavirus-2019-ncov-cases

Fazendo o download dos arquivos diários ao invés destes consolidados (não tem o Recovered na última atualização)

O JHU mantém pelo menos 2 formatos dos dados: diários e consolidados (time series). Eu tentei utilizar o formato time series inicialmente, mas mudei para o formato diário, de modo que eu mesmo faço a consolidação. Isso permitiu um pouco mais de controle sobre os dados baixados.

Os dados são mantidos neste repositório GitHub:

https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/raw/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_daily_reports/

O nome dos arquivos é MM-DD-YYYY.csv, começando a partir de 22 de Janeiro de 2020.

Depois de feito o download de todos os arquivos, é preciso juntá-los em um único data.frame. O processo começa com a leitura de todos os csv, colocando-os todos em uma list.

Com a lista de todos os arquivos (data.frames) diários, a função bind_rows do dplyr faz a concatenação. Algumas correções de nomes de países são também realizadas, visando normalizar e acertar grafias.

Total de Casos pelos dados da John Hopkins University (JHU)

Casos Confirmados Mortos Recuperados
463388 21089 109547

Últimos 10 dias para alguns países

França
Country DateRep ConfirmedCases Deaths Recovered Continent
France 2020-03-16 6650 148 12 Europe
France 2020-03-17 7683 148 12 Europe
France 2020-03-18 9052 148 12 Europe
France 2020-03-19 10886 243 12 Europe
France 2020-03-20 12632 450 12 Europe
France 2020-03-21 14308 562 12 Europe
France 2020-03-22 16214 676 2201 Europe
France 2020-03-23 20123 862 2207 Europe
France 2020-03-24 22622 1102 3288 Europe
France 2020-03-25 25600 1333 3907 Europe
Itália
Country DateRep ConfirmedCases Deaths Recovered Continent
Italy 2020-03-16 27980 2158 2749 Europe
Italy 2020-03-17 31506 2503 2941 Europe
Italy 2020-03-18 35713 2978 4025 Europe
Italy 2020-03-19 41035 3405 4440 Europe
Italy 2020-03-20 47021 4032 4440 Europe
Italy 2020-03-21 53578 4825 6072 Europe
Italy 2020-03-22 59138 5476 7024 Europe
Italy 2020-03-23 63927 6077 7432 Europe
Italy 2020-03-24 69176 6820 8326 Europe
Italy 2020-03-25 74386 7503 9362 Europe
Espanha
Country DateRep ConfirmedCases Deaths Recovered Continent
Spain 2020-03-16 9942 342 530 Europe
Spain 2020-03-17 11748 533 1028 Europe
Spain 2020-03-18 13910 623 1081 Europe
Spain 2020-03-19 17963 830 1107 Europe
Spain 2020-03-20 20410 1043 1588 Europe
Spain 2020-03-21 25374 1375 2125 Europe
Spain 2020-03-22 28603 1756 2125 Europe
Spain 2020-03-23 35136 2311 3355 Europe
Spain 2020-03-24 39885 2808 3794 Europe
Spain 2020-03-25 49515 3647 5367 Europe
Brasil
Country DateRep ConfirmedCases Deaths Recovered Continent
Brazil 2020-03-16 200 0 1 America
Brazil 2020-03-17 321 1 2 America
Brazil 2020-03-18 372 3 2 America
Brazil 2020-03-19 621 6 2 America
Brazil 2020-03-20 793 11 2 America
Brazil 2020-03-21 1021 15 2 America
Brazil 2020-03-22 1546 25 2 America
Brazil 2020-03-23 1924 34 2 America
Brazil 2020-03-24 2247 46 2 America
Brazil 2020-03-25 2554 59 2 America

Para poder estudar o crescimento do número de casos e de mortes, foi adicionada uma coluna com o número de casos de um dia para o outro, já que a base de dados reporta o total de casos em cada dia e não quantos casos foram registrados naquele dia.

Lista de países ordenados por número de casos confirmados

País Casos Mortes Recuperados
China 81661 3285 73773
Italy 74386 7503 9362
USA 65778 942 361
Spain 49515 3647 5367
Germany 37323 206 3547
Iran 27017 2077 9625
France 25600 1333 3907
Switzerland 10897 153 131
United Kingdom 9640 466 140
South Korea 7478 53 118
Netherlands 6438 357 4
Austria 5588 30 9
Belgium 4937 178 547
Canada 3251 30 183
Norway 3084 14 6
Portugal 2995 43 22
Brazil 2554 59 2
Sweden 2526 62 16
Turkey 2433 59 26
Israel 2369 5 58
Australia 2364 8 119
Denmark 1862 34 41
Malaysia 1796 20 199
Ireland 1564 9 5
Luxembourg 1333 8 6
Japan 1307 45 310
Ecuador 1173 28 3
Chile 1142 3 22
Pakistan 1063 8 21
Poland 1051 14 7
Thailand 934 4 70
Romania 906 17 86
Saudi Arabia 900 2 29
Finland 880 3 10
Greece 821 22 36
Indonesia 790 58 31
Iceland 737 2 56
South Africa 709 0 12
Russia 658 3 29
India 657 12 43
Philippines 636 38 26
Singapore 631 2 160
Qatar 537 0 41
Slovenia 528 5 10
Peru 480 9 1
Colombia 470 4 8
Egypt 456 21 95
Panama 443 8 1
Croatia 442 1 22
Bahrain 419 4 177
Mexico 405 5 4
Estonia 404 1 8
Dominican Republic 392 10 3
Argentina 387 8 52
Serbia 384 4 15
Iraq 346 29 103
Lebanon 333 6 20
United Arab Emirates 333 2 52
Algeria 302 21 65
Lithuania 274 4 1
Armenia 265 0 16
Bulgaria 242 3 4
Hungary 226 10 21
Morocco 225 6 7
Latvia 221 0 1
Slovakia 216 0 7
San Marino 208 21 4
New Zealand 205 0 22
Costa Rica 201 2 2
Kuwait 195 0 43
Uruguay 189 0 0
Andorra 188 1 1
North Macedonia 177 3 1
Bosnia-Herzegovina 176 3 2
Tunisia 173 5 2
Jordan 172 0 1
Moldova 149 1 2
Albania 146 5 17
Burkina Faso 146 4 10
Ukraine 145 5 1
Vietnam 141 0 17
Cyprus 132 3 3
Malta 129 0 2
Brunei 109 0 2
Sri Lanka 102 0 3
Oman 99 0 17
Senegal 99 0 9
Cambodia 96 0 10
Azerbaijan 93 2 10
Ghana 93 4 0
Venezuela 91 0 15
Belarus 86 0 29
Afghanistan 84 2 2
Kazakhstan 81 0 0
Ivory Coast 80 0 3
Cameroon 75 1 2
Georgia 75 0 10
Trinidad and Tobago 60 1 0
Uzbekistan 60 0 0
Cuba 57 1 1
Montenegro 52 1 0
Liechtenstein 51 0 0
Nigeria 51 1 2
Mauritius 48 2 0
Taiwan 45 1 15
Kyrgyzstan 44 0 0
Czech Republic 41 0 0
Rwanda 41 0 0
Bangladesh 39 5 7
Paraguay 37 3 0
Honduras 36 0 0
Bolivia 32 0 0
Monaco 31 0 1
Kenya 28 0 1
Jamaica 26 1 2
Guatemala 24 1 4
Togo 23 0 1
Palestine 22 0 0
Madagascar 19 0 0
Barbados 18 0 0
Uganda 14 0 0
Maldives 13 0 8
Ethiopia 12 0 0
Tanzania 12 0 0
Zambia 12 0 0
Djibouti 11 0 0
Mongolia 10 0 0
El Salvador 9 0 0
Equatorial Guinea 9 0 0
Haiti 8 0 0
Suriname 8 0 0
Dominica 7 0 0
Namibia 7 0 2
Niger 7 1 0
Seychelles 7 0 0
Benin 6 0 0
Gabon 6 1 0
Bahamas 5 0 1
Fiji 5 0 0
Guyana 5 1 0
Mozambique 5 0 0
Syria 5 0 0
Cape Verde 4 1 0
Eritrea 4 0 0
Guinea 4 0 0
Holy See 4 0 0
Angola 3 0 0
Antigua and Barbuda 3 0 0
Central African Republic 3 0 0
Chad 3 0 0
Gambia 3 1 0
Laos 3 0 0
Liberia 3 0 0
Nepal 3 0 1
Saint Lucia 3 0 0
Sudan 3 1 0
Zimbabwe 3 1 0
Belize 2 0 0
Bhutan 2 0 0
Guinea-Bissau 2 0 0
Kosovo 2 0 0
Mali 2 0 0
Mauritania 2 0 0
Nicaragua 2 0 0
Saint Kitts and Nevis 2 0 0
East Timor 1 0 0
Grenada 1 0 0
Libya 1 0 0
Papua New Guinea 1 0 0
Saint Vincent and the Grenadines 1 0 0
Somalia 1 0 0
Republic of the Congo 0 0 0

Alguns gráficos exploratórios com a base do JHU

Evolução dos casos após o 30º caso confirmado
DateRep Japan USA Italy France Germany Spain Brazil Argentina Chile
2020-02-06 45
2020-02-15 43
2020-02-16 59
2020-02-17 66
2020-02-18 74
2020-02-19 84
2020-02-20 94
2020-02-21 105 35
2020-02-22 122 35 62
2020-02-23 147 35 155
2020-02-24 159 53 229
2020-02-25 170 53 322
2020-02-26 189 59 453
2020-02-27 214 60 655 38 46
2020-02-28 228 62 888 57 48 32
2020-02-29 241 70 1128 100 79 45
2020-03-01 256 76 1694 130 130 84
2020-03-02 274 101 2036 191 159 120
2020-03-03 293 122 2502 204 196 165
2020-03-04 331 153 3089 285 262 222
2020-03-05 360 221 3858 377 482 259
2020-03-06 420 278 4636 653 670 400
2020-03-07 461 417 5883 949 799 500
2020-03-08 502 537 7375 1126 1040 673
2020-03-09 511 605 9172 1209 1176 1073
2020-03-10 581 959 10149 1784 1457 1695 31
2020-03-11 639 1281 12462 2284 1908 2277 38
2020-03-12 639 1663 12462 2284 2078 2277 52
2020-03-13 701 2179 17660 3667 3675 5232 151 31 43
2020-03-14 773 2726 21157 4480 4585 6391 151 34 61
2020-03-15 839 3499 24747 4513 5795 7798 162 45 74
2020-03-16 825 4632 27980 6650 7272 9942 200 56 155
2020-03-17 878 6421 31506 7683 9257 11748 321 68 201
2020-03-18 889 7786 35713 9052 12327 13910 372 79 238
2020-03-19 924 13680 41035 10886 15320 17963 621 97 238
2020-03-20 963 19101 47021 12632 19848 20410 793 128 434
2020-03-21 1007 25493 53578 14308 22213 25374 1021 158 537
2020-03-22 1086 33746 59138 16214 24873 28603 1546 266 632
2020-03-23 1128 43667 63927 20123 29056 35136 1924 266 746
2020-03-24 1193 53740 69176 22622 32986 39885 2247 387 922
2020-03-25 1307 65778 74386 25600 37323 49515 2554 387 1142

Calculando a taxa de progressão dia-a-dia: Brasil, Itália, USA, França, Alemanha, Espanha

DateRep Brazil France Germany Italy Japan China Spain USA
2020-03-01 1.00 1.30 1.65 1.50 1.062 1.01 1.87 1.09
2020-03-02 1.00 1.47 1.22 1.20 1.070 1.00 1.43 1.33
2020-03-03 1.00 1.07 1.23 1.23 1.069 1.00 1.38 1.21
2020-03-04 2.00 1.40 1.34 1.23 1.130 1.00 1.35 1.25
2020-03-05 1.00 1.32 1.84 1.25 1.088 1.00 1.17 1.44
2020-03-06 3.25 1.73 1.39 1.20 1.167 1.00 1.54 1.26
2020-03-07 1.00 1.45 1.19 1.27 1.098 1.00 1.25 1.50
2020-03-08 1.54 1.19 1.30 1.25 1.089 1.00 1.35 1.29
2020-03-09 1.25 1.07 1.13 1.24 1.018 1.00 1.59 1.13
2020-03-10 1.24 1.48 1.24 1.11 1.137 1.00 1.58 1.59
2020-03-11 1.23 1.28 1.31 1.23 1.100 c(“1.00”, “1.00”) 1.34 1.34
2020-03-12 1.37 1.00 1.09 1.00 1.000 c(“1.00”, “1.00”) 1.00 1.30
2020-03-13 2.90 1.61 1.77 1.42 1.097 1.00 2.30 1.31
2020-03-14 1.00 1.22 1.25 1.20 1.103 1.00 1.22 1.25
2020-03-15 1.07 1.01 1.26 1.17 1.085 1.00 1.22 1.28
2020-03-16 1.23 1.47 1.25 1.13 0.983 1.00 1.27 1.32
2020-03-17 1.60 1.16 1.27 1.13 1.064 1.00 1.18 1.39
2020-03-18 1.16 1.18 1.33 1.13 1.013 1.00 1.18 1.21
2020-03-19 1.67 1.20 1.24 1.15 1.039 1.00 1.29 1.76
2020-03-20 1.28 1.16 1.30 1.15 1.042 1.00 1.14 1.40
2020-03-21 1.29 1.13 1.12 1.14 1.046 1.00 1.24 1.33
2020-03-22 1.51 1.13 1.12 1.10 1.078 1.00 1.13 1.32
2020-03-23 1.24 1.24 1.17 1.08 1.039 1.00 1.23 1.29
2020-03-24 1.17 1.12 1.14 1.08 1.058 1.00 1.14 1.23
2020-03-25 1.14 1.13 1.13 1.08 1.096 1.00 1.24 1.22

Países com números de casos semelhantes ao Brasil

Olhando os dados de: - Portugal - Suécia (Sweden) - Turquia (Turkey) - Israel - Austrália (Australia)

Evolução dos casos após o 30º caso confirmado
DateRep Australia Sweden Israel Portugal Brazil Turkey
2020-03-02 30
2020-03-03 39
2020-03-04 52 35
2020-03-05 55 94
2020-03-06 60 101
2020-03-07 63 161
2020-03-08 76 203 39 30
2020-03-09 91 248 39 30
2020-03-10 107 355 58 41 31
2020-03-11 128 500 109 59 38
2020-03-12 128 599 131 59 52
2020-03-13 200 814 161 112 151
2020-03-14 250 961 193 169 151
2020-03-15 297 1022 251 245 162
2020-03-16 377 1103 255 331 200
2020-03-17 452 1190 337 448 321 47
2020-03-18 568 1279 433 448 372 98
2020-03-19 681 1439 677 785 621 192
2020-03-20 791 1639 705 1020 793 359
2020-03-21 1071 1763 883 1280 1021 670
2020-03-22 1490 1931 1071 1600 1546 1236
2020-03-23 1682 2046 1442 2060 1924 1529
2020-03-24 2044 2286 1930 2362 2247 1872
2020-03-25 2364 2526 2369 2995 2554 2433

Calculando a taxa de progressão dia-a-dia: Brazil, Portugal, Sweden, Turkey, Israel, Australia

DateRep Australia Brazil Israel Sweden Portugal Turkey
2020-03-01 1.08 1.00 1.43 1.17
2020-03-02 1.11 1.00 1.00 1.07 NA
2020-03-03 1.30 1.00 1.20 1.40 1.00
2020-03-04 1.33 2.00 1.25 1.67 2.50
2020-03-05 1.06 1.00 1.07 2.69 1.60
2020-03-06 1.09 3.25 1.31 1.07 1.62
2020-03-07 1.05 1.00 1.00 1.59 1.54
2020-03-08 1.21 1.54 1.86 1.26 1.50
2020-03-09 1.20 1.25 1.00 1.22 1.00
2020-03-10 1.18 1.24 1.49 1.43 1.37
2020-03-11 1.20 1.23 1.88 1.41 1.44 NA
2020-03-12 1.00 1.37 1.20 1.20 1.00 1.00
2020-03-13 1.56 2.90 1.23 1.36 1.90 5.00
2020-03-14 1.25 1.00 1.20 1.18 1.51 1.00
2020-03-15 1.19 1.07 1.30 1.06 1.45 1.20
2020-03-16 1.27 1.23 1.02 1.08 1.35 3.00
2020-03-17 1.20 1.60 1.32 1.08 1.35 2.61
2020-03-18 1.26 1.16 1.28 1.07 1.00 2.09
2020-03-19 1.20 1.67 1.56 1.13 1.75 1.96
2020-03-20 1.16 1.28 1.04 1.14 1.30 1.87
2020-03-21 1.35 1.29 1.25 1.08 1.25 1.87
2020-03-22 1.39 1.51 1.21 1.10 1.25 1.84
2020-03-23 1.13 1.24 1.35 1.06 1.29 1.24
2020-03-24 1.22 1.17 1.34 1.12 1.15 1.22
2020-03-25 1.16 1.14 1.23 1.10 1.27 1.30